Kemahasiswaan UPMI sebagai wadah penampung aspirasi mahasiswa melalui organisasi mahasiswa. Organisasi mahasiswa UPMI terdiri dari enam organisasi, antara lain KMI (kumpulan Mahasiswa Islam), LAMPALIN (Langkah Mahasiswa Pecinta Alam dan Lingkungan), PORSA (Persatuan Olahraga Mahasiswa), KMN (Kumpulan Mahasiswa Nias), HIMFAH (Himpunan Mahasiswa Fakultas Hukum), dan KMK (Kumpulan Mahasiswa Kristiani).